VMWareの中で動いているゲストOSは問題無いんだけど、外のアプリケーションでことごとくshift, alt, ctrlが使えなくなる。

この問題みたいだ。まだ根本解決は見つかっていないけど、自分の環境では、ここに書いてあるsetxkbmapの実行で、回避できている。あと、Ctrl+Alt+Enterによる全画面表示をしなければ、大丈夫のようだ。