システム => 設定 => キーボードで、レイアウトタブを選ぶと、なぜか私の環境では、レイアウトが2つ登録されていたので、1つ削除して、デフォルトのチェックを入れた。

すると、ctrl caps入れ替えで、caps LEDが点灯/消灯する問題も、VMWare使用中にShift alt ctrlが効かなくなる件も起きなくなったようだ（少なくとも今日1日、起きていない）。

と思ったら、VMWareの問題は、さっきまた起きた。ダメか。